·          يتكون الهيكل التنظيمي للدائرة على النحو التالي:

أ-  المدير العام

ب- مساعدو المدير العام

ج- مستشارو المدير العام

د - المديريات .

هـ- المراكز الجمركية.

و- المختبرات الجمركية.

·            يرتبط المدير العام بالوزير ويكون مسؤولاً عن تنفيذ مهام الدائرة وعن حسن سير العمل فيها .

·             يرتبط بالمدير العام كل من:

1.        المساعد للشؤون الإدارية والمالية .    

2.        المساعد للشؤون الفنية الجمركية .

3.        المساعد لشؤون الالتزام والتسهيل.

4.        المستشارين.

5.        مكتب المدير العام.

6.        المديريات التالية:

§ النيابة العامة الجمركية .

§ الرقابة والتفتيش .

§ مكافحة التهريب.

§ الاستراتيجيات والتطوير المؤسسي.

7.        المراكز الجمركية .   

·             يرتبط  بمساعد المدير العام للشؤون الإدارية والمالية المديريات التالية :   

1.        الموارد البشرية .

2.        التدريب الجمركي .

3.        الشؤون المالية .

4.        الشؤون الادارية.

5.        الأبنية والصيانة .

6.        خدمة الجمهور والمتابعة.

7.        العلاقات العامة والاعلام والتعاون الدولي.

·             يرتبط بمساعد المدير العام للشؤون الفنية الجمركية المديريات التالية:

1.        التعريفة والاتفاقيات

2.        الادخال المؤقت

3.        الإعفاءات

4.        شؤون القيمة

5.        الترانزيت والتخليص

6.        القضايا

7.        الشؤون القانونية .

8.        المختبرات الجمركية

·             يرتبط بمساعد المدير العام لشؤون الالتزام والتسهيل المديريات التالية:

1.        الجودة الجمركية الشاملة.

2.       ادارة المخاطر .

3.       الاستخبار الجمركي .

4.       الترفيق الجمركي .

5.       الاتصالات والسيطرة الالكترونية. 

6.       تكنولوجيا المعلومات .              

·             لجنة التخطيط والتنسيق برئاسة المدير العام وعضوية كل من :

1.       مساعدي المدير العام، ويسمي المدير العام احد مساعديه نائباً لرئيس اللجنة.

2.       مديري المديريات التالية:

§          الرقابة والتفتيش .

§          الاستراتيجيات والتطوير المؤسسي.

§          الموارد البشرية .

§          الشؤون المالية .

§          الشؤون القانونية .

§          الجودة الجمركية الشاملة .

§          تكنولوجيا المعلومات .

§          المديرية ذات العلاقة .

3. إثنان من مديري المراكز الجمركية يسميهما المدير العام.

·             تتولى اللجنة دراسة الامور التالية وتقديم التوصيات بشأنها :

1.  خطط وبرامج عمل الدائرة وسبل متابعة تنفيذها .

2.  أداء الدائرة وانجازاتها والسبل الناجعة للنهوض بعملها بما يضمن تحقيق أهدافها على النحو الامثل .

3.  الخطة العامة لبرامج التدريب لموظفي الدائرة .

4.  مشروع الموازنة السنوية للدائرة وجدول تشكيلات الوظائف فيها .

5.  مشروعات القوانين والانظمة والتعليمات المتعلقة بعمل الدائرة .

6.  الهيكل التنظيمي للدائرة وارتباط المديريات والمراكز الجمركية والاقسام وفقا لمتطلبات العمل .

7.  أي امور أخرى يحيلها المدير العام اليها .

·             اجتماعات اللجنة :

-          تجتمع اللجنة بدعوة من رئيسها أو نائبه مرة على الاقل كل ثلاثة اشهر وكلما دعت الحاجة، ويكون اجتماعها قانونياً بحضور أغلبية أعضائها على أن يكون الرئيس او نائبه من بينهم، وتتخذ توصياتها بأغلبية أصوات أعضائها، وفي حال تساوي الاصوات يرجح الجانب الذي صوت معه رئيس الاجتماع.

-       لرئيس اللجنة دعوة أي من المستشارين أو أي من موظفي الدائرة أو أي شخص من خارجها للمشاركة في اجتماعات اللجنة للإستئناس برأيه في الأمور المعروضة عليها دون أن يكون له حق التصويت.

-       يكون مدير الاستراتيجيات والتطوير المؤسسي أمين سر للجنة يتولى الاعداد لاجتماعاتها وتدوين محاضرها  وتنظيمها وحفظ القيود والمعاملات الخاصة بها ومتابعة تنفيذ توصياتها .

·           لمجلس الوزراء بناءً على تنسيب الوزير المستند الى توصية المدير العام احداث أي مديرية في الدائرة أو دمجها مع غيرها أو الغائها، وللمدير العام بناءً على تنسيب اللجنة احداث أي قسم في المديرية او المركز الجمركي او المختبر الجمركي او دمجه في غيره او الغاؤه.

·                يصدر الوزير بناءً على تنسيب المدير العام التعليمات اللازمة لتنفيذ احكام هذا النظام بما في ذلك ما يلي:

1.        تحديد مهام المديريات والمختبرات الجمركية وواجباتها.

2.        وصف الوظائف وتصنيفها في الدائرة .

3.        تحديد الهيكل التنظيمي للمديريات والمراكز الجمركية .

4.        تحديد العلاقة واساليب الاتصال والتنسيق في الدائرة .